安東尼奧・泰勒手上握有機密情報而遭武裝集團綁架，為此美國總統專屬特務里昂前往追查，卻意外遭遇一名神祕女子妨礙，讓犯人得以逃逸。另一方面，反生化武器組織「BSAA」的克里斯、吉兒以及擔任顧問的蕾貝卡，正針對舊金山一帶所發生感染源不明的殭屍疫情進行探查。在克蕾兒所屬的組織協力調查之下，發現病毒確診者全都去過監獄島・阿爾卡特拉斯。為了調查真相，克里斯一行人於是搭乘渡輪往監獄島出發……